ご連絡ありがとうございます。
おっしゃる通り、カート内の②ご注文内容確認の時点で、送料５４０円と出てきます。小計＋送料　合計　っと言った感じになります。

ご注文内容確認画面で、送料無料条件に達してる場合は、配送方法を①ヤマトネコポス（（北海道・沖縄・離島）でも無料）と②宅配（北海道・沖縄・離島の場合プラス５４０円）と選べまして、送り先が北海道・沖縄・離島で、②の宅配を選びますと、送料０円が→送料５４０円に変わります。
あと、管理画面→受注管理→注文者情報にも、送料５４０円と履歴が残るようになっております。

OrderEntityとは、src/Eccube/Entity/order.phpのことでよろしいでしょうか？
order.phpとShoppingService.phpでは、getDeliveryFeeTotal()辺りに変更の形跡が無い気がしました。

ECCUBEの本を購入して勉強してましたが、なかなか理解がまだ出来ず知識不足で申し訳ございませんが、再度ご確認いただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。