受注CSVと配送CSVの出力処理は
/src/Eccube/Controller/Admin/Order/OrderController.phpの
function exportCsv()に記述されております。

CSV出力の流れを確認していくとURLから繋がる2つのアクション
function exportOrder()と
function exportShipping()がそれぞれ定義されているのですが
最終的に$this->exportCsv()という形でfunction exportCsv()を呼び出しているようです。
（ECCUBE4ではCSV出力処理が共通化されています）

その為、配送CSVのみ形態を変えたい場合、
function exportCsv()内部で判定を追加して処理を分岐させる、
function exportCsv()をコピーして配送CSV用のfunctionを新しく追記するといった形が考えられます。

function exportCsv()の動きを簡単に解説すると

の間が受注データの件数分ループされます。
ループ内に以下のような記述がありますが

ここで受注毎の受注明細を取得し、さらに受注明細分ループしています。
2回目（受注明細）のループ内でCSV1行分のデータを作っています。

$ExportCsvRow = new ExportCsvRow(); => 新しい行を追加

$csvService->fputcsv($ExportCsvRow->getRow()); => 1行分のデータの書き出し

よって明細単位でCSVが出力されています。
この2回目のループを排除する事で受注単位でのCSV出力に変更する事が出来ます。
ただ2回目のループを排除した場合、以下の記述で取得している
出荷データ（配送先）を取得できなくなりますので
$Shipping = $OrderItem->getShipping()
$Orderから出荷データを取得するように変更する必要があります。

この辺りはEntityのリレーションを理解していないと難しいかもしれません。
あと、出荷先を複数に分けているような（分納）注文については
単純に受注単位でのCSV出力を行った場合、
正しい配送先と梱包すべき商品が分からなくなると思います。(CSVに商品情報が出力されなくなる為)

その為、配送CSVも受注明細単位で出力されていると思います。

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株式会社シロハチ
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