弊社への有償でフロント側にて特定のカテゴリを非表示にするというカスタマイズを行ったことがありますが
デフォルトではカテゴリを非表示にする方法が無い為、個別にカスタマイズが必要となるのではないでしょうか？

カテゴリナビ(PC) ブロックや商品検索ブロックの処理でカテゴリデータを取得していますので
そこで非表示としたいカテゴリは取得しないようにすれば対応できると思います。

カテゴリナビ(PC) ブロックは
/src/Eccube/Resource/template/default/Block/category_nav_pc.twig

商品検索ブロックは
/src/Eccube/Form/Type/SearchProductBlockType.php

の中で
CategoryRepository->getList()を呼んでカテゴリを取得しています。

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株式会社シロハチ
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