>確認できましたが、$Orderや$Shippingなどの出力する項目のタグ名（？）がわかりません。
データの参照方法という事でよろしかったでしょうか？
普段、PHPでプログラムを書かれていたりはされていますか？
もし、PHPを書かれていたりしていないのであれば、ちょっと分かりにくいかもしれませんが

/src/Eccube/Entity/以下にEntityクラスというデータを扱うプログラムが記述されたファイルがありますので
こちらを参照する事で各Entityからどのようなデータが取得できるか確認する事ができます。

例えば、$Order(受注)はOrder.phpに記述があります。
※Shipping(出荷)やCustomer(顧客)等、何となく名称で判断できるようになっています。

Order.phpの中に
public function getOrderNo()のようにpublic function get***から始まる記述がありますが
これが項目を指定してデータを取得する記述になります。

それをOrderPdfService.php側では
$Order->getOrderNo()という記述で利用する事が出来ます。
getOrderNo()は「OrderNo」とありますので注文番号を取得するメソッドとなります。

支払方法はgetPaymentMethod(),
備考はgetMessage()ではないかと思います。

リンク先のページですが、
備考を取得する箇所の記述だけ$Order['Message']と2系の記述になっているのような気がします。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog