設定などは変更していないのにメールが届かなくなってしまったのでしょうか？

メールに関してさくらインターネットのメールアカウントをご利用という事ですが
メールサーバはさくらインターネットのサーバで
WEBサーバ（ECCUBE）は別のサーバをご利用でしょうか？

ECCUBEのメール設定はsmptを指定してさくらインターネットのメールサーバからメールを送信する設定となっていますか？
/app/config/eccube/mail.ymlに設定が記述されていると思います。

よくあるのがmail.ymlのtransportにmail、
ショップ基本情報の送信元メールアドレスにさくらインターネットのメールアドレスが設定されていて
実際にメールを送信したサーバ(WEBサーバ)のIPアドレスと
メールアドレスドメインに設定されたSPFレコードのIPアドレスが一致せずに
なりすましメールと判定される事かと思います。
（さくらインターネットのメールアカウントはデフォルトでSPFレコードが
　さくらインターネットのメールサーバに設定されていたと思います）

あと、gmail等では送信元サーバのIPアドレスからDNSの逆引きを行ってドメインチェックも行っていると思いますので
ドメインの逆引き設定もきちんと行っておいた方が良いと思います。

DNSも含めて設定が必要となってきますので
その辺りの情報を整理する必要があるかもしれません。

あと、ドコモのメールについては、ユーザー側で受信許可を設定してもらわないと
ほとんどが迷惑メールと判定されてメールが届かないと思います。
（新規ドメインからのメールはほぼ拒否されるのではないかと思います。）

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog