早速のご回答、ありがとうございます。

＞エラー発生タイミング
商品管理＞商品登録(商品規格)を選択し、
規格1（必須）を選択、規格2は選択なし（デフォルト）にした上で確認ページへ。
その後、確認ページから「この内容で登録する」ボタンをクリックしたタイミングで発生します。

＞規格1、規格2の組み合わせが多すぎる～
確認の方法がわからず不明確ではありますが、規格1,2ともに項目数は2桁ありません。
おそらく上限には達していないかと思われます。

＞ポイント付与
規格毎には付与をしていません。
商品単位ではポイント付与率の項目があり、ポイント付与ができるようになっています。

以上となります。
よろしくお願いいたします。