早速のご返信ありがとうございます。

＞この辺りのレコードが辻褄が合わない状態になっていませんか？
＞（例えば$arrDefaultの結果がnullになってしまうような状態）
phpの記述はデフォルトからいじっていない様です。
DBでclasscategory_id1,classcategory_id2に該当するカラムは２つ見つかり
そちらの設定は
データ型：integer
NOTNULL：NOTNULL
デフォルト：0
検査制約：1
となっております。
http://www.mediafire.com/view/uyny48dgxzyiiae/01.JPG/file
この設定は何かおかしい状態でしょうか？

＞tax_rateについて
こちらの記述に関しても、デフォルトから変えていないように思います。
282行目から、
// 税情報登録/更新
if (OPTION_PRODUCT_TAX_RULE) {
SC_Helper_TaxRule_Ex::setTaxRuleForProduct($arrList['tax_rate'][$i], $arrPC['product_id'], $arrPC['product_class_id']);
}
}
という記述になっております。
http://www.mediafire.com/view/4jtzznrh86jwtn7/02.JPG/file

こちらはDB上の問題ではなく、phpの記述がおかしいということでしょうか。
お手数をかけて申し訳ございませんが、よろしくご確認のほど、お願いいたします。