プルダウンの選択肢は
/src/Eccube/Form/Type/SearchProductBlockType.php 54行目の
$Categoriesで設定されているのですが
対象データを取得している
$this->app['eccube.repository.category']->getList(null, true);
[/src/Eccube/Repository/CategoryRepository.php function getList()]は
全ての階層のデータを取得してしまいます。

上記、function getList()を参考に新しく親データ（第1階層のカテゴリで良かったでしょうか？）のみ取得するメソッドを
CategoryRepository.phpに追加して、それをSearchProductBlockType.phpで利用する形が良いのではないかと思います。

実際にコードを書いて動かした訳ではないので何とも言えませんが
createQueryBuilder()の
c2, c3, c4, c5に関する記述を削除すれば第2階層以下のデータは取得しないのではないかと思います。

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株式会社シロハチ
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