その後の状況です。

今回手を加えたファイルは、
/data/class/pages/admin/total/LC_Page_Admin_Total.php
/data/Smarty/templates/admin/total/index.tpl

LC_Page_Admin_Total.php については、投稿した箇所以外にも変更を加えた部分があり、順を追ってみましたが、
lfGetWhereMember の前後でそれぞれ、$sdate と $edateの値を再指定してみると、前後で挙動が変わりました。
/** 商品別集計 **/
public function lfGetOrderProducts($type, $sdate, $edate)
{
$objQuery = SC_Query_Ex::getSingletonInstance();

/* ▼lfGetWhereMember 前に再度日付を指定するとグラフが表示▼ */
$sdate = '2019/1/7 0:0:0';
$sdate = '2019/1/7 11:59:59';
/* ▲lfGetWhereMember 前に再度日付を指定するとグラフが表示▲ */

list($where, $arrWhereVal) = $this->lfGetWhereMember('create_date', $sdate, $edate, $type);

/* ▼lfGetWhereMember 後に再度日付を指定するとグラフが表示されない▼ */
$sdate = '2019/1/7 0:0:0';
$sdate = '2019/1/7 11:59:59';
/* ▲lfGetWhereMember 後に再度日付を指定するとグラフが表示されない▲ */

$where .= ' AND dtb_order.del_flg = 0 AND dtb_order.status <> ?';
$arrWhereVal[] = ORDER_CANCEL;

$col = <<< __EOS__
product_id,
product_code,
product_name,
SUM(quantity) AS products_count,
COUNT(dtb_order_detail.order_id) AS order_count,
price,
(price * SUM(quantity)) AS total
__EOS__;

$from = 'dtb_order_detail JOIN dtb_order ON dtb_order_detail.order_id = dtb_order.order_id';

// FIXME グループを副問い合わせにして無駄な処理を減らす
$objQuery->setGroupBy('product_id, product_name, product_code, price');
$objQuery->setOrder('total DESC');
$arrTotalResults = $objQuery->select($col, $from, $where, $arrWhereVal);

$tpl_image = $this->lfGetGraphPie($arrTotalResults, 'product_name', 'products_' . $type, '(売上比率)', $sdate, $edate);

return array($arrTotalResults, $tpl_image);
}

lfGetWhereMember で取得日付指定のWhere句生成部分を変更しています。

/**
* @param string $col_date
*/
public function lfGetWhereMember($col_date, $sdate, $edate, $type, $col_member = 'customer_id')
{

$where = '';
// 取得日付の指定
if ($sdate != '') {
if ($where != '') {
$where.= ' AND ';
}
// 2020-05-14 Add Start
//$sdate = date('Y/m/d H:i:s', strtotime($sdate));
// 2020-05-14 Add End
$where.= " $col_date >= '". $sdate ."'";
}

if ($edate != '') {
if ($where != '') {
$where.= ' AND ';
}
// 2020-05-14 Edit Start
//$edate = date('Y/m/d H:i:s', strtotime($edate));
//$where.= " $col_date <= '" . $edate ."'";
$edate = date('Y/m/d', strtotime('1 day', strtotime($edate)));
$where.= " $col_date < date('" . $edate ."')";
// 2020-05-14 Edit End
}

// 会員、非会員の判定
switch ($type) {
// 全体
case 'all':
break;
case 'member':
if ($where != '') {
$where.= ' AND ';
}
$where.= " $col_member <> 0";
break;
case 'nonmember':
if ($where != '') {
$where.= ' AND ';
}
$where.= " $col_member = 0";
break;
default:
break;
}

return array($where, array());
}

渡した値（$sdate, $edate）と、再指定した値（$sdate, $edate）を比較しても同じ内容でした。