エラーの具体的な内容が分からないのでWEBサーバのエラーログを確認されてみては如何でしょうか？
500エラーが出ているようですのでもしかしたらhtaccessの記述ミスかもしれませんので。

サーバ環境が分からないので何とも言えませんが
index.phpで従来のサイトが稼働している状況で
新サイトにECCUBEを構築と言う案件であれば、
私だったら別サーバを建ててECCUBEを構築しDNSの切り替えでサイトを切り替えるか、
root権限を持っているのであれば、サブディレクトリにECCUBEを構築→documentrootの変更によるサイト切り替えを行うかと思います。

理由としては、従来のサイトに問題が起きた時に
ECCUBEが影響しているのかどうかの調査を行う事になり、余計な手間が発生する可能性がある為です。
逆に従来のサイトの何かが影響してECCUBEが正常に動作しなかった場合の切り分け調査も大変かと思いますので。

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株式会社シロハチ
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