ありがとうございます！本当に助かりました！

Entityには

/**
* Set Product.
*
* @param int $Product
*
* @return $this
*/
public function setProduct($Product)
{
$this->Product = $Product;

return $this;
}


/**
* Get Product.
*
* @return \Eccube\Entity\Product
*/
public function getProduct()
{
return $this->Product;
}

こちらを追記していたため、先ほど教えて頂いた

->setProduct($Product)

このコードを追加する事で解決されたようです。
ただ、

->setId($Product->getId())

このコードとの差し替えだと
Entity of type Plugin\Maker\Entity\ProductMaker is missing an assigned ID for field 'id'. The identifier generation strategy for this entity requires the ID field to be populated before EntityManager#persist() is called. If you want automatically generated identifiers instead you need to adjust the metadata mapping accordingly.

このようなエラーが表示されてしまうようで、

->setId($Product->getId())
->setProduct($Product)

と続く形であればエラーがでないようです。
まだ素人なので、このエラーが出る意味があまり理解できてはないのですが、、