メールログには、以下のようになっています。

Jun ** 20:23:51 : from=<送信エラー受付メールアドレス>, size=4072, nrcpt=2 (queue active)
Jun ** 20:23:51 : to=<商品注文受付メールアドレス>, relay=vdelivermail, delay=0.03, delays=0.02/0/0/0.01, dsn=2.0.0, status=sent (delivered via vdelivermail service)
Jun ** 20:23:53 : to=<注文者メールアドレス>, relay=xxx.mail.yahoo.co.jp[***.***.***.***]:25, delay=2.2, delays=0.02/0.01/0.34/1.8, dsn=2.0.0, status=sent (250 ok dirdel)

それで、上記の点も気になるのですが、本題として注文受付メールが2通（だいたい1分程度後に）送信されるという事です。
こちらでもテスト購入をしてみましたが、店舗側にも注文者側にも各1通ずつしか届きません。

注文自体も1件しか受け付けていないため、2回注文しているという事ではないようです。

すべての注文受付で起きていないのか、再現しません。

サーバーのメール配信の問題なのか、注文者側の受信の問題なのか可能性として考えられる原因が何かありますでしょうか？