返答頂き有難うございます。

そちらの記事は確認の上で質問させて頂きました。

実は先ほど解決しました。
やはりApache設定上でアクセス制限がかかっていました。

先日確認してできなかったバーチャルドメインの記述部分とは別の部分にアクセス制限の記載があったため、とりあえずコメントアウトしたところ削除もできるようになりました。

ありがとうございました。