規格が設定された商品の場合、規格プルダウン選択時にjavascriptで価格が動的に書き換えられる仕様となっていますが
書き換え後の金額が税抜き￥0で表示されるという事でしょうか？

detail.twigの価格の表示レイアウトを変更されているのであれば
それに合わせてjavascriptも修正する必要があると思います。
/html/template/default/js/eccube.js 500行目付近かと思います。

因みに先日までやり取りさせていただいた内容は
販売価格を税抜表示に変更したいのかと思っておりましたので
税込価格と税抜価格を同時に表示する事は想定しておりません。
（税込価格を税抜価格に置換するイメージでしたので）
税込・税抜価格の両方を表示したいのであれば、Product.phpから返している配列に従来の税込価格と新しく税抜価格を返すようにする必要があるかと思います。

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株式会社シロハチ
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