お返事ありがとうございました。
proxyを生成しても同じでした。私の作業流れを軽く説明致します。
１. app/Customize/Entity/MemberTrait.php を作成
2. proxy 生成　bin/console eccube:generate:proxies
3. app/Customize/Repository/MemberRepository.php を元のファイルから作成して、namespaceを変更(namespace Customize\Repository;)またはuse Eccube\Repository\AbstractRepository;を追加した。
4. app/Customize/Form/Type/Admin/MemberType.phpを元のファイルから作成して、namespaceを変更、use Customize\Entity\Company;
use Customize\Repository\CompanyRepository;を追加して、
->add('company', EntityType::class, [
'class' => Company::class,
'required' => false,
]);
5. app/template/admin/Setting/System/member_edit.twig
に
{{ form_widget(form.company) }}
{{ form_errors(form.company) }}したら下記のエラー発生しています。エラー内容は最初のエラーと同じです。
エラー内容：Neither the property "company" nor one of the methods "company()", "getcompany()"/"iscompany()"/"hascompany()" or "__call()" exist and have public access in class "Symfony\Component\Form\FormView" in __string_template__96c42d43d963842ad6a198a59cb1e9bf9e16ea872a8add173a168f8d08aab775 at line 138.

※　MemberTrait.phpの中身：
<?php

namespace Customize\Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
use Eccube\Annotation\EntityExtension;
use Symfony\Component\Validator\Constraints as Assert;

/**
* @EntityExtension("Eccube\Entity\Member")
*/
trait MemberTrait
{
/**
* @var \Customize\Entity\Company
*
* @ORM\ManyToOne(targetEntity="Customize\Entity\Company")
* @ORM\JoinColumns({
* @ORM\JoinColumn(name="company_id", referencedColumnName="id")
* })
*/
private $Company;

/**
* Set company.
*
* @param \Customize\Entity\Company|null $company
*
* @return Member
*/
public function setCompany(\Customize\Entity\Company $company = null)
{
$this->Company = $company;

return $this;
}

/**
* Get company.
*
* @return \Customize\Entity\Company|null
*/
public function getCompany()
{

return $this->Company;
}
}
です。