特にカスタマイズしていないという事であれば、内部的にSwiftMailerが利用されていると思いますが
RFC違反のメールはECCUBE(SwiftMailer)側でも止められていませんか？

リンク先の情報はsymfony2の話なのでソースの中身は異なりますが
同じファイル内にfunction assertValidAddress()がありそこでthrowが投げられているように思います。
http://rys.hatenablog.com/entry/2012/06/07/185016

あと、localpartを「"」で括る処理ですが
上記function assertValidAddress()でRFC違反のメールアドレスかどうか判定していますので
違反時にはthrowを投げるのではなく、localpartを「"」で括ってアドレスを返却する処理を行えば対応できそうな気がします。

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株式会社シロハチ
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