>①EC-CUCBE管理画面にて「商品管理＞「規格登録」にて
>新規の規格を登録

規格とありますが分類を追加されたという認識でよろしいでしょうか？

>②①で登録した規格を、既存の登録商品に追加しようと
>「商品マスター」＞商品＞「規格設定」にて、①で登録した規格の「登録」にチェックを入れて
>「更新」すると、「登録」に入れていたチェックが解除されて画面が更新される

デフォルトの環境で登録済の商品に対して、追加した分類をチェックして更新してみましたが
正常に登録されました。（並び順はチェックしたものが上にくる形で変わりましたが）
分類を新規追加したのではなく、既に登録されている分類で未チェックの分類があれば
それが商品規格に登録できるか確認されてみては如何でしょうか？
あと、同時にチェックを外した分類があったりとかはありますか？

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株式会社シロハチ
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