seasoftさん、zonさん、ありがとうございます。
（まとめレスでごめんなさい）

該当のテーブルは1つだけなんですね。

あと、zonさんに教えて頂いたようにカテゴリIDを空にしたら登録できました。

5階層分のリストを作っておいて、そこから自動で親カテゴリIDを判断しながら下層のカテゴリもまとめてCSVファイルにするスクリプトを作ったのですが、自分でカテゴリIDを決められないとなるとちょっと厳しいですね。

なんとかEC CUBEでサイトを立ち上げたいと思っていますが、なかなかいろんな壁があります

規格がたくさんある商品を扱っているので、標準の規格数（2つ）では全く足りないため「規格部分をカテゴリとして分類したらどうか」と考えていたのですが、またやり方を考えてみます。