ざっと目を通しただけなので、間違っているかもしれませんが、

/data/class/pages\admin/products/LC_Page_Admin_Products_UploadCSVCategory.php
342行目の

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// 編集中のレコード以外に同じ名称が存在する場合
if ($arrCat[0]['category_id'] != $arrRet['category_id'] && $arrCat[0]['category_name'] == $_POST['category_name']) {
$objErr->arrErr['category_name'] = "※ 既に同じ内容の登録が存在します。<br>";
}
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は $arrRet な予感。

まぁ、それは置いといて、

カテゴリIDが１からの連番で問題ないのなら、スクリプトで作成したCVSファイルをカテゴリIDで昇順で並び替えたあと、カテゴリIDを空にする作業をすれば、一応整合性はとれると思います。