ご質問いただいている件と関係あるか分かりませんが
最近、弊社で保守しているサイトで決済が正常に処理されないという現象が報告されています。
（ECCUBE3系でベリトランス決済サービスを利用）
まだ調査段階の為、原因の特定はできておりませんが
特定のブラウザ（user-agentよりAndroid端末のsamsungブラウザと思われます）を利用した時のみ、
クレジットカード決済を入力した後のクレジット決済処理中に
並行して（バックエンドでの通信？）
カートの中→レジに進むの通信が発生し新しい注文データがセッションに格納されている状態となっているようです。
（決済が完了した注文と購入処理中の注文データの2件が存在する状態になる）

投稿いただいた内容と弊社で調査中の事例は状況が異なると思いますが
1つの注文データの決済中に他の注文データの処理が割り込んでいるという事でしたので
もしかしたらと思い投稿しました。

因みにまだ有効な解決方法は見つけられておりません。

ECCUBEのログ（フロント）にユーザーがアクセスしたページ等の情報は残っているかと思いますので
問題の起きた日時辺りを確認されてみては如何でしょうか？

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株式会社シロハチ
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