状況がよくわからないですが、$requestをそのまま使うのではなく、加工したデータをsubmitするなどでしょうか？

$form->handleRequest($request);
ではなく
$data = (加工したデータ);
$form->submit($data);

あるいはそもそもフォームにその項目を含まなければ更新されないですね。removeで取り除いておくこともできますが。
$form->remove($削除する項目);

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