ステータスを増やして対応する流れで良いのではないでしょうか？
カートに入れて注文完了までの流れを変更するのは容易ではないと思いますので
Status::NEWを仮注文として、それ以降のやり取りをマイページの注文履歴を利用して行う形が良いのではないでしょうか？
（それでもカスタマイズのボリュームは大きそうですが...）

ただし、4)お客さんが改めて注文を確定させるの段階で
クレジットカード決済の決済方法が出てくるのであれば
デフォルトの注文の流れの前で仮注文の処理が必要になってくるかと思います。
（プラグインを利用せずに決済の仕組みを組み込むのであれば前者の方法でも対応できるかと思います）

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株式会社シロハチ
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