色々と問題の確認を行いましたが解決には至りませんでした。
まずhttp://ドメイン/html/kanri/setting/system/logで該当しそうなログを検索しようとしましたが、製品のアップロード領域に関連するものは何も見当たりませんでした。
そこでhttp://ドメイン/html/kanri/content/file_managerで複数のコンテンツをアップロードし、その後削除までできることは確認できました。
PHPの設定と必要な権限にも問題はありません。
データベースもキチンと接続されているように見えます。
スクリプトまたはコーディングの問題のような気がします。
これ以上このVPSでの作業は時間のロスに他ならないので、他のVPSで確認してみたいと思います。

ありがとうございました。