現象が正確に表せていなかったよです。改めて整理しました。
・4.04でのscssの扱いと4.05での扱いの違いの認識が不足していた
・混乱して、誤り操作をしていた可能性がある

改めて[現象]
1)生成されるファイル(*1)を削除しないでnpm run buildを実行した場合
　・エラーメッセージ(*2)が出る
　・style.cssに独自.scssが反映されない
2)生成されるファイルを削除してnpm run buildを実行した場合
　・エラ〜メッセージが出る
　・style.cssに独自.scssが反映される

*1)対象のファイル
　html/template/default/assets/css/style.css
html/template/default/assets/css/style.css.map
html/template/default/assets/scss/独自project/独自.css
html/template/default/assets/scss/独自project/独自.css.map
*2)出力されるエラーメッセージ
　[Error running Gulp] Error: html/template/default/assets/scss/style.scss
　Error: It's not clear which file to import for '@import "独自project/独自"'.
Candidates:
独自project/t独自.scss
独自project/独自.css
Please delete or rename all but one of these files.
　on line 70 of html/template/default/assets/scss/style.scss
　　　>> @import "独自project/独自";