商品個別送料を送料無料の対象外にする事と
商品個別送料を地域（北海道、沖縄）によって金額を変更する事は
それぞれ別の箇所に変更を加えるカスタマイズになるかと思います。

前者の商品個別送料を送料無料の対象外にするのは
ShoppingService.phpの送料無料判定ロジックと
CartController.phpの送料無料判定ロジックに手を加えれば良いかと思います。

後者の商品個別送料の計算については
ShoppingService.php内になる商品個別送料を参照しているロジックを全て改修する必要があるかと思います。
こちらについては複数個所に処理が存在していると思いますので
漏れの内容に修正していく必要があると思います。
商品個別送料を参照している箇所には必ず
if ($this->BaseInfo->getOptionProductDeliveryFee() === Constant::ENABLED) {
の判定が入っていると思いますので
この記述を目安にコード内を探せばよいかと思います。

ただプラグイン等を利用しているとShoppingService.phpだけでなく
プラグイン側に送料計算ロジックがあったりした場合、
そちらのソースも探しに行く必要があるかと思います。
（1つずつ実装してテストしていくのが良いかと思います）

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株式会社シロハチ
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