引用：

はい、ご認識のとおりですね。
2系は、ダウンロード販売や、送料の異なるパターンを販売種別(2系、3系では商品種別と呼んでいた)で分けるよう意図していたのですが、
3系で、商品種別の異なる商品の同時購入ができる仕様となり、あまり意味を無さなくなっていました。
4系では、同時決済をしない意図で、カートを分ける必要性があるということで、現在の仕様となりました。

また、4系では標準で異なる配送方法の同時購入ができるようになっていますので、 PurchaseFlow で制御してあげるのが適しています。