EC-CUBEでは１つの注文に対して複数の配送が行われることがありますので、「注文ID」と「配送ID」がずれることは通常の運用でもあります。

例えば下記の様な場合です。
・注文画面で「お届け先を追加する」から発送先を追加した
・受注管理＞受注登録で「出荷情報の追加」を行なった

>出荷CSVファイルの出荷IDは注文IDではなく、配送IDを参照しているようです。
配送IDは普段あまり使わないので分かりにくいですが、配送IDを使う仕様になっております。

２つのIDがずれている状態で注文IDを使用してしまうと、異なった注文に反映されることになってしまいます。

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