連絡が遅くなってしまい、大変申し訳ございません。
ご教示いただいた内容を元に実施したところ、問題なく表示されました。

ShoppingService.phpに追加したコードがの直前にある「return $Customer;」をそのままにしていたため、
追加コード内に「dump($nonMember);」を追記しても表示されませんでした。

コードの修正後「dump($nonMember);」を取得しました。

■dump($nonMember);取得結果（抜粋）

ShoppingService.php on line 127:
array:42 [▼
〜省略〜
"R18" => R18 {#1408 ▼
-id: 1
-name: "18歳以上"
-rank: 0
〜省略〜
"CustomerAddresses" => ArrayCollection {#1412 ▼
-elements: array:1 [▼
0 => CustomerAddress {#1413 ▼
-id: null
〜省略〜
-Customer: Customer {#1414 ▼
-id: null
〜省略〜
-R18: R18 {#1408 ▼
-id: 1
-name: "18歳以上"
-rank: 0
〜省略〜
"r18" => 1

最終行にあるとおり、r18は取得できているようです。
また、ShoppingService.phpに追加したコードを修正した結果、エラーメッセージが若干変わりました。

[エラーメッセージ]
ORMInvalidArgumentException in ORMInvalidArgumentException.php line 91:
A new entity was found through the relationship 'Eccube\Entity\Order#Pref' that was not configured to cascade persist operations for entity: 神奈川県. To solve this issue: Either explicitly call EntityManager#persist() on this unknown entity or configure cascade persist this association in the mapping for example @ManyToOne(..,cascade={"persist"}).

色々調べたり試しているなかで意図しない修正を行ってしまった可能性もありますので、
一旦Prefの設定について見なおしてみたいと思います。