EC-CUBE4系のエンティティ拡張を使用しても、
独自にカラムを追加しても、
外部にテーブルを持たせても、
行儀の悪いプラグインを入れてしまうと処理が干渉しますし、そうなった場合はプラグインに手を入れる必要も出てきます。

項目追加だけでなく、それに応じてプログラムも変更されると思いますので、もし何らかの競合が発生した場合に、一番検知しやすく、改修しやすいのは独自にカラムを追加する方法です。

大規模なカスタマイズが入る場合は、本体を直接改修し、しっかり Git でバージョン管理し、本体のバージョンアップにも追従できるようにしておくのが良いと思います