twigファイルのProduct.idを指定した時の処理は
khiroさんのおっしゃられる通り、src/Eccube/Entity/Product.php public function getId()で合っています。

>しかし、「なぜProduct.idで、商品のIDを取り出せるのか」がいまいちよくわかりません。

ここはsymfonyとtwigのルールでそのようになっていると考えています。
(.id→getId()やisId()等のメソッドを探して実行するようです)
PHPフレームワーク内でどのように実装が行われているか調べたいという事であれば
/vendor以下のソースを探っていけばよいと思いますが
私はPHPフレームワークはそういうものだと割り切って利用しています。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog