一度、GMOペイメントゲートウェイに相談されてみては如何でしょうか？
もしプラグインにご希望の機能がリリースされていないようであれば、
GMOペイメントゲートウェイのサポートに確認しながらご自身で実装という形になるかと思います。
ECCUBEの決済に関わる部分に手を加える事になる為、ある程度、ECCUBEの構造を理解している必要があるかと思います。
またPHPプログラムだけでなくhttp通信に関する知識も必要となってくるかと思います。
どちらかというと難易度の高いカスタマイズになるかと思います。
（弊社でも独自機能に対応したクレジット決済やAmazonPayとの連携をカスタマイズした事はありますが、それなりの料金をいただいて対応しております）

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株式会社シロハチ
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