ご返信ありがとうございます。

管理機能の受注管理画面で個別通知を見ると
同じメールが2件履歴残っています。

プラグインの競合を考え、優先度を変更してみました。
それ以降重複されなくなったような状況です。

最近になって、クレジットカード決済のWEBコレクトの注文分だけ
注文受付の自動メールが送信されなくなりました。
WEBコレクト側で決済に関するエラーが生じていたトラブルがあったようなので様子を見てみます。