>サーバーにあるファイルをFTPでダウンロードし、またMySQLのデータはphpMyAdminからエクスポートしすることで、バックアップとして成立るのでしょうか？

バックアップに必要なデータはその内容で問題ないかと思います。

また、復旧はその逆の手順で問題ないと思います。
ただ1点だけバックアップしたファイル一式をサーバへアップした際、
パーミッションの設定は気を付ける必要があると思います。

テンプレートやプラグイン、ログや商品画像などが対象となる可能性があります。
（ご利用のサーバによって違いがあります）

現状のパーミッションも確認されておいたほうが良いかと思います。
例えば/html/upload/save_imageが参考になるのではないかと思います。

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株式会社シロハチ
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