クーポンプラグインをカスタマイズする事で利用済みとするタイミングを変更する事は可能と思いますが、別の問題が発生する可能性のある要件では無いかと考えます。

クーポンの発行枚数を制限しているパターンの場合、
利用済みのタイミングを変更してしまうと
クーポンが残り1枚という状況で
ある顧客が楽天側で操作中に別の顧客がクーポンを利用した注文を完了させた場合（ほぼ同時に注文が入るような時）
最初の顧客は楽天側で操作が完了した後にクーポンの在庫が足りないという状況になるかと思います。
既に楽天側での処理がクーポン適用済みの金額で処理された後にクーポン利用不可が発覚しますので
そういった時の対応を決めておく必要があると思います。
（そのまま値引きを適用するか、注文と取り消すかといった判断が必要なのではないかと思います）

クーポンの利用条件が無制限であれば問題にはならないとは思います。

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株式会社シロハチ
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