解決しましたので、ログを残しておきます。

開発者向けモードにして出たログをGMOの窓口に連携

EC-CUBE　開発者モードについて
https://qiita.com/poego/items/68f556adf89116246bec

GMOからの返答
> 定期購入プラグインの設定では、定期決済を実現させるために定期用の「商品種別」や
> 「配送業者」を追加する処理を行っております。
> 上記処理を行う際に、EC-CUBE管理画面の管理者アカウントに相当するmember_id"2"を
> 利用して処理を行っているのですが、貴社環境では、member_id"2"に相当するアカウントが
> 削除されており、処理が実行できない状態と考えられます。
> ※member_id"2"は、インストール直後に標準で用意されているIDでございます。
>
> dtb_memberテーブルへ、member_id"2"を追加した状態で、再度定期購入プラグインの
> 設定をお試しいただきますようお願いいたします。
>
> ※弊社が動作を確認しておりますのは、標準状態のEC-CUBEでございます。
> 　EC-CUBE側の修正であっても、弊社プラグインに影響を与えることがございますので、
> 　先のご案内でも動作しない場合は、インストール直後の標準状態にて動作を
> 　ご確認いただきますようお願いいたします。