ご連絡ありがとうございます。

$Shipping = is_numeric($row[$columnNames['id']]) ? $this->shippingRepository->find($row[$columnNames['id']]) : null;

受注データを取得とのことでしたので、上記の「shippingRepository」を「orderRepository」に変更したところシステムエラーとなりました。
（的はずれな修正でしょうか）

エラーと思われるログは以下となります。

php.CRITICAL [11b45fbd] [1438a39] [2] [Symfony\Component\Debug\ErrorHandler:handleException:584] - Call to undefined method Eccube\Entity\Order::setTrackingNumber() {"exception":"[object] (Symfony\\Component\\Debug\\Exception\\FatalThrowableError(code: 0):

php.INFO [11b45fbd] [e31d96c] [2] [Symfony\Component\Debug\ErrorHandler:handleError:532] -
User Deprecated: Not quoting the scalar "%name% %plugin_version% は EC-CUBE %eccube_version% には対応していません。続行しますか？" starting with the "%" indicator character is deprecated since Symfony 3.1 and will throw a ParseException in 4.0 in "/Applications/MAMP/htdocs/eccube/src/Eccube/Resource/locale/messages.ja.yaml" on line 1684. {"exception":"[object] (ErrorException(code: 0):

php.INFO [11b45fbd] [e31d96c] [2] [Symfony\Component\Debug\ErrorHandler:handleError:532] - User Deprecated: Not quoting the scalar "%file_name% のアップロードに失敗しました。(%error%)" starting with the "%" indicator character is deprecated since Symfony 3.1 and will throw a ParseException in 4.0 in "/Applications/MAMP/htdocs/eccube/src/Eccube/Resource/locale/messages.ja.yaml" on line 960. {"exception":"[object] (ErrorException(code: 0):