お返事ありがとうございます。
他のプラグインを無効にしてみたりPHPのバージョンを変えたり試せることは試したのですが、どうにもならなかったのでヤマトのカスタマーに問い合わせしてみました。
ログなども送って現在返信待ちですが、いきなりのエラーなので私もサーバーの仕様と決済の仕様が合わずに動作しなくなったのかなと思っています。