お騒がせして申し訳ございません。

EC-CUBE3 規格設定が２つあると登録（反映）できないというのは、解決できました。
max_input_varsの値をhtaccessに記述して増やしていたのですが、それがサーバー側で反映されていませんでした。
（以前は反映されていました。）
記述箇所を変更すると記述した数値が反映されました。
規格設定も無事更新できるようになりました。