「イプシロン決済プラグイン」を無効状態でインストール済みだったのですが、これを有効化しようとしたら「システムエラーが発生しました」と表示されました。
その後プラグイン一覧に戻ったら、なぜか「XSS脆弱性修正プラグイン」にギアマークが増えていました。
これがキャッシュクリアに相当するような操作になってくれたのかもしれません。
ひとまず「修正ファイル適用」が確認できました。