引用：

それでいいと思います。私も最新版を一式ダウンロードしています。
私の場合は、その中から必要なファイルのみをアップしたという流れです。

引用：

カスタマイズしていない場合であっても、[html]以下は、[upload]や[user_data]など、管理画面からアップしたファイルがあると思いますので、ご自身で更新なファイルを確認しながらアップロードした方がいいはずです。4.0.5→4.0.6では更新がありませんでしたが、[html/template]以下のファイルが、バージョンアップによっては更新があるといった感じなんだと思います。

本件、私も問題解決したので良かったです。
nanasessさん、ありがとうございました。