>いずれかのカテゴリに一致したでなく、全てのカテゴリに一致した商品を
>一覧表示したいと考えております。(IN句では、対応できないと考えております)

私が内容を読み取れていなかったみたいで
見当違いな回答をしてしまい申し訳ございません。
(複数カテゴリIDのand検索をしたいという事でよろしいかったでしょうか？)

リンク先のページは2013年の内容なのでかなり古いのですが
doctrine自体がform句のサブクエリには対応していないのではないでしょうか？
https://github.com/doctrine/orm/issues/3542

その為、直接SQLを発行する形でしか対応できないのではないかと思います。
直接SQLを発行する事については、SQLインジェクション対策を踏まえて単純な文字連結でSQLを組み立てなければ大丈夫ではないかと思います。
（特にカテゴリIDは外部から渡される値になるかと思いますのできちんと処理する必要があると思います）

その他の方法として、where句でexistsとサブクエリを組み合わせて絞り込む（相関副問合せ）方法もあるかと思いますが
doctrineでの記述となると
かなり複雑な記述になりそうな気がします。

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