レスありがとうございます。

CPI は Telnet や SSH が使えないので、サーバー上で展開できないので、FTP でアップしていました。

当初はMac 10.4.11 で Cyberduck 3.0.2 でアップしていました。
ASCII転送の拡張子
.txt,.cgi,.htm,.html,.shtml,.xml,.xsl,.php,.php3,.js,.css,.asp,.java,.c,.cp,.cpp,.m,.h,.pl,.py,.rb,.sh

ご指摘の後、WindowsXP SP2 で FFFPT 1.95 でアップし直しました。
ASCII転送の拡張子
.txt,.html,.htm,.cgi,.pl,.dat,.css,.log,.js,.xml,.mno,.hdml,.wax,.asp,.shtml,.LCK,.dwt\00.htaccess,.php,.inc,.sql,.temp,.csv,.tpl,.cfg,.pm,.tmpl,.rss,.htc,.thtml,.thtmlx,.conf
コード変換なし

MySQL では最初と同じように文字化けがおきました。

PostgreSQL ではインストールの途中の「データベースの初期化」で以下のエラーになってインストールが出来ませんでした。

Warning: main(DATA_PATHmodule/Net/URL.php) [function.main]: failed to open stream: No such file or directory in /usr/home/xxxxxxx/html/eccube2/data/class/pages/LC_Page.php on line 25

Fatal error: main() [function.require]: Failed opening required 'DATA_PATHmodule/Net/URL.php' (include_path='.:') in /usr/home/xxxxxxx/html/eccube2/data/class/pages/LC_Page.php on line 25