何とも実際に見てみないと推測でしか言えない状況ですが、CSVに削除済みの規格も出力されることがわかっています。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/pull/4199
出力されているものは以前に削除されたことがあるデータでしょうか？

また、プラグインやカスタマイズの影響で挙動が変わっていると言うようなことも考えられます。

>また、ＣＳＶ項目の「規格分類1(ID)」にはその18個のデータにそれぞれ数字が付与されています。
>これは何に対して数字を付与されているのでしょうか？

こちらは規格管理で「赤」や「Lサイズ」といった規格に対して発行される内部的なシステムIDになります。

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