ご連絡遅くなり大変申し訳ありません。

デフォルトではFromとBccのメールアドレスは同じものが利用されると思いますので
一度、gmailから手動で自アドレス宛のメールが受信できるか試されてみては如何でしょうか？
→こちらは異常なく、自アドレスから自アドレスにメールを送信（受信）できました。

迷惑フォルダに割り振られているというような事も無いでしょうか？
→迷惑フォルダの方を見ましたが、割り振られていませんでした。

BCCが送信されないようにプログラムを改修して元に戻し忘れているといった事も無いでしょうか？
→こちらについては私の知識不足のせいで、具体的にどこを指しているのかがわかりません。ご教授いただけたらと思います。

そういえば、管理者側の送信済みメールフォルダに自動送信メールが届いていることが確認できました。ただ、送信済みメールフォルダには通知が来ないため、EC-CUBEを運営していく上で支障が出てしまうことが明らかなので困っています…