ご回答、ありがとうございます。

説明不足で、申し訳ありません。
改めて不具合の詳細をお知らせします。

商品購入時にエラーが発生し、トップページかカート画面へ戻るようにとの表示がされる。
↓
注文履歴には注文した商品は表示されず、注文完了メールも送信されない。
↓
決済完了メールは送られており、請求処理がされてしまっている。

＞多発しているというのは常に発生する現象ではないという事でしょうか？

正常に決済処理が完了して、
EC-CUBE：入金済み
イプシロン：課金済み
の状態になっているお客様もいらっしゃいます。
リリース前に自分で動作検証した際も、特に不具合はありませんでした。

＞あと、リンク決済方式を利用されている(購入フローの途中でイプシロン決済画面へ遷移)のであれば
＞もしかしたらSameSite Cookieの話が何か関係あるかもしれません。

リンク決済方式を利用しております。
ご教示いただいた「SameSite Cookie」については確認します。

「プラグインの入れ替え」が何か影響しているかも知れません。

以上、よろしくお願い致します。