おっしゃられている規格2を消したいというのは、どのレベルの話でしょうか？
データベースのカラムも含めて削除したいという事ですか？

それとも商品規格を登録する際、規格1のみ指定して登録し直したいという事でしょうか？

前者のデータベース構造を変更したいという事であれば、リレーションの見直しや商品×規格1×規格2を組み合わせてデータを作り出すロジック、購入処理関連など多岐に渡る修正が必要となってくるかと思います。

そもそもの問題は商品と規格の組み合わせによって乗算的に関連データの件数が増える事が問題かと思いますので
データ構造はそのままに商品と規格の組み合わせ方を検討されたほうが良いかと思います。

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株式会社シロハチ
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