ご回答ありがとうございます！

OederController.phpでexportShippingというfunctionで
exportCsvを呼んでおり、その中で以下のコードを見つけました。

//商品コードがなければループをスキップする
if ($OrderItem->getProductName() == '手数料' || $OrderItem->getProductName() == '送料' ) {
continue;
}


スキップする対象に個数が0だったらという条件を以下のように追加しました。
getQuantity()は、\Entity\OrderItem.phpに定義されていたので使えると思い記述しています。

//商品コードが無いまたは、個数が0ならループをスキップする
if ($OrderItem->getProductName() == '手数料' || $OrderItem->getProductName() == '送料' || $OrderItem->getQuantity() == '0' ) {
continue;
}


追加後、テストしてみたのですが、うまく動作しておらず、
以下のようにも変更し動作確認をした結果、変更が適用されていないことが分かりました。
//商品コードがなければループをスキップする
if ($OrderItem->getProductName() == '手数料' || $OrderItem->getProductName() == '送料' || $OrderItem->getProductName() == '商品名' ) {
continue;
}

var/cacheをクリアしても変更が反映されていなかったのですが、原因が分からず現在調査中です。
もしお分かりの方がいたらご教授いただければ幸いです。