【結論】謎が残りますが、解決できました！！

「ECCUBEの管理画面＞設定＞システム設定＞システム情報で
現時点のPHPの設定値が確認できます」
⇨ありがとうございます！
知りませんでした。

PHP Version 7.3.27　でした。
phpMyAdminから見た時　PHP のバージョン: 7.4.16　で勘違いしておりました。

ですので、教えて頂いた
/public_html/.fast-cgi-bin/php73.ini
を見ました。
そこにmax_input_varsの記述はないのに、
管理画面のシステム情報では
「max_input_vars　1000」となっています。
1000で商品規格登録が100件まで。。。

試しに
php73.iniに
「max_input_vars=2000」を記述してみたら
商品規格登録が200件までに増えました。

「max_input_vars=5000」を記述してみたら
商品規格登録が目的の365件も登録できました。

【まとめ】max_input_varsの10%値まで商品規格登録ができる！

なぜ10%値なのかは謎のまま。

４６８様、ec9!!!様　ありがとうございました！