カートの中の合計、「ご注文手続き」（shopping）の小計、合計、お支払合計に割引を反映させるには
src/Eccube/Service/PurchaseFlow/PurchaseFlow.php
の
protected function calculateTotal(ItemHolderInterface $itemHolder)
{
$total = array_reduce($itemHolder->getItems()->toArray(), function ($sum, ItemInterface $i\
tem) {
if ($item->getQuantity() == 1) {
$sum += $item->getPriceIncTax() * $item->getQuantity();
}
elseif ($item->getQuantity() >= 2 ) {
$sum += $item->getPriceIncTax() * 1.5 ;
}
return $sum;
}, 0);

protected function calculateSubTotal(ItemHolderInterface $itemHolder)
{
$total = $itemHolder->getItems()
->getProductClasses()
->reduce(function ($sum, ItemInterface $item) {
if ($item->getQuantity() == 1) {
$sum += $item->getPriceIncTax() * $item->getQuantity();
}
elseif ($item->getQuantity() >= 2 ) {
$sum += $item->getPriceIncTax() * 1.5;
}
return $sum;
}, 0);
を修正しました。
さらにshoppingページで小計の部分に使われているOrder.taxable_totalがどこで計算されているかわからなかったので、Order.payment_totalで置き換えて
<div class="ec-totalBox__total">{{ '合計'|trans }}<span class="ec-totalBox__price">{{ Order.payment_total|price }}</span><span class="ec-totalBox__taxLabel">{{ '税込'|trans }}</span></div>
としました。
これでとりあえず1個購入は定価、2個と3個購入では定価の1.5倍にすることができました。商品に3個までの購入制限をかけているので、4個以上同時購入はできなくしています。