本件解決いたしました。

一度、4.0.5→4.0.6のバージョンアッププラグインでのアップデートを試みましたがエラーが発生したため、バックアップから復元しました。

そこでバージョンアッププラグインが有効化の状態のまま、コマンドを実行していた為｢ECCUBEアップデートプラグイン1.0.2はECCUBE4.0.6-p1には対応していません。実行を続けますか？」の警告が出たものと思われます。

【対処方法】
さくらインターネットの管理画面から、データベース(phpmyadmin)へログインして、dtb_pluginの中の「EccubeUpdate405to406」を削除して管理画面の表示が無くなっていることを確認。

もう一度コマンドで
php bin/console eccube:composer:require-already-installed
以上を実行した結果、完了できました。

＊その際に一部プラグインのエラーが生じ管理画面が表示されなくなりましたが、詳しい方にアドバイスを頂きながらプラグインの中身(app/Plagin/エラーの出ているプラグイン)を確認していると一部のファイルがすっぽり抜けている事に気づきました…

バックアップデータから抜けているファイルをアップロードした結果、無事管理画面が表示されました。


今後のバージョンアップに不安が残りますが、今回は何とか行う事が出来ました。
コマンドの実行方法や、参考になるサイトを教えてくださいました皆様、ありがとうございました。